Ok Ok.
Beim ATMEGA 2560 lassen sich die Quarz Pins nicht umkonfigurieren = Pin 33 und 34.
Ebenso ist auch der Reset Pin nicht umkonfigurierbar = Pin 30.
Bei vielen anderen Controllern geht das aber - In diesem Fall hier hast Du HaWe natürlich recht.

Das mit den ISP Pins ist leider so.
Wenn man dort z.B. eine LED mit Vorwiderstand einbaut, streiken einige Programmer wie z.B. der AVR ISP MKII.
Ebenso dürfen da während des Programmierens keine externen Potentiale anliegen.
Das lässt sich natürlich einfach lösen, wenn man während der Programmierung das Shield abzieht und sämtliche Beschaltung nur auf dem Shield macht.

Ich kenn nun das Board nicht, aber Ich vermute, das die USB Bridge mit dem USART 0 verbunden ist und somit auf dem RxD Pin des Controllers bereits ein Potential anliegt.

Ausserdem muß man natürlich gucken, ob alle beschaltbaren Pins auch auf die Anschlussleisten des Board geführt sind und ob auf dem Board bereits eine Beschaltung vorliegt - Deshalb auch der Hinweis mit dem Schaltplan.