Im Prinzip sind alle I/O Pins nutzbar.
Allerdings gibt es bei den ISP Pins die Einschränkung, das diese nur hochohmig ( > 4,7k ) mit Peripherie verbunden sein dürfen, sonst geht ISP nicht mehr.
Der Reset Pin sollte auch nicht als I/O genutzt werden, solange man über ISP proggen will.
Der Quarz braucht weitere 2 Pins.
Richtige "Analog Pins" gibt es eigentlich hier nicht.
Die Pins können nur als Eingang für den A/D Converter benutzt werden, sind aber ansonsten normale I/O Pins.
Die JTAG Schnittstelle braucht wiederum ein paar Pins, wenn man sie nutzen will.

Weitere Einschränkungen gibt es seitens des Boards.
Die USB Bridge wird schon mal 2 Pins brauchen ( Bootloader ! ), die nur schwierig anderweitig nutzbar sind.

Also gewünschte Funktionen anschauen und den Schaltplan des Boards dazu nehmen.
Erst dann kann man sagen wie viele und welche I/O Pins nutzbar sind.