Hallo,

ich konnte mein Problem mittlerweile selbst lösen. Die aufgetretenen Fehler lagen, wie ich schon vermutet hatte, an den eingeschränkten Benutzerrechten die ich als Mitglied einer Domäne habe.
Lösung:
AVRSTUDIO 4 mit Administratorrechten ausführen.

Wen´s interessiert:
Wer als User mit eingeschränkten Benutzerrechten an einem Rechner arbeitet, kann einzelne Programme mit dem Befehl runas mit Administratorrechten laufen lassen.
z. B. so
runas.exe /user:Computername\administrator "C:\Programme\Atmel\AVR Tools\AvrStudio4\AVRStudio.exe"

Beim Start von AVRSTUDIO.exe wird dann noch das Passwort abgefragt.