Das ist schade, es spiegelt aber auch meine bisherigen Erfahrungen wieder:
- In extern gefertigten Teilen (stl hin, Bauteil zurück) musste ich bislang Löcher immer nachbohren.
- Technische mehrteilige Vorlagen bei Thingiverse & Co sind auch mit Vorsicht zu genießen.

Aber Du hast recht, das müsste dann der Slicer machen. Als Format für den Transfer hat sich stl ja quasi etabliert.