.. Angenommen ich schalte die beiden Kanäle mit etwas Zeitversatz habe ich das Problem das ich dadurch eine Drehung erzeuge ..
Das ist eine Annahme? Oder hast Du das schon getestet?

Die Motoren für meine kleine Coladose werden pro Sekunde 100 mal geregelt - bei archie dasselbe. Immer nur ein Motor zur gleichen Zeit, d.h. die Regelroutine läuft für beide Motoren 200 mal pro Sekunde mit gleichmässigen Abständen, 5 ms, von Regelung zu Regelung. Abweichungen der Fahrtrichtung hatte ich damit nicht wirklich festgestellt. Allerdings musste bei Aufnahme der Sprungantwort (fürs MiniD0) auf genaueste Synchronisierung Wert gelegt werden, um Richtungsänderungen beim Anfahren zu vermeiden. Ohne genauere Tests behaupte ich, dass durch die sehr hohe Beschleunigung eines Motors am Bewegungsanfang aus dem Stillstand heraus dieser festgestellte Versatz kam - siehe hier.