Rufst du deinen Linker getrennt auf ?
Das Argument -c bedeutet nämlich:
-c Compile and assemble, but do not link.
Zu deinem Problem mit Geany. Schau ob du im Dateisystem lese, schreib und ausführ Rechte hast. Hast du das ganze mal mit Rootrechten kompiliert? Dann wurde die Executable nämlich auch mit Root rechten angelegt und darf vom normalen Benutzer nicht überschrieben und eventuell nicht ausgeführt werden.
Im Zweifelsfall den Ordner mit den Buildartefakten mal löschen und noch mal probieren.
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