Der Atmega ist der Controller selbst. Arduino ist ein System, das immer die gleiche Größe hat, egal welcher controller drauf ist. Beim Arduino hast du die Programmierschnittstelle, Spannungsregler,... integriert. Programmiert wird dieser normalerweise aus der Arduino IDE über die USB Schnittstelle.
Beim Atmega musst du alles selbst aufbauen, Spannungsregler, wenn nötig Schnittstelle (USB-UART Wandler bzw RS232-UART Wandler). Zusätzlich benötigst du noch ein Programmiergerät, da du keinen Bootloader wie beim Arduino hast. Der Vorteil ist das du unabhängig bist und nur das einplanst was du benötigst und du dadurch sehr klein bauen kannst.
MfG Hannes
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