Ich denk mal, da das Teil ja an den Marker soll muss es relativ klein sein.
Ein standard Arduino board wird da wohl zu groß werden.
Sämtliche zentralen Funktionen sind im Controller des Boards angesiedelt.
Auf dem Board befinden sich noch die Stromversorgung und der USB Wandler und die Taktversorgung.
Das musst Du bei Verwendung nur des Controllers nachbauen.
Üblicherweise hat der ARDUINO einen Bootloader im ATMEGA geproggt.
Bei einem jungfräulichen Controller vom Elektronik Versender ist der natürlich nicht auf dem Chip gebrannt.
Um den Bootloader wieder wieder in den Chip reinzukriegen braucht es dann einen Programmer.
Wie das bei mini aussieht müssten mal die Arduino Profis hier klären.
Ich denk mal der wäre klein genug für Deine Idee.

Ich bin bei den AVR schon vor der ARDUINO Ära gelandet und Progge die Chips mit AVRGCC in "C".