Ja genau an den Anschlüssen. Aber es ist ja auch in der Anleitung mit Bildern erklärt.
Hier ein paar Funkionen/Code für dich, da ich auch ein RN-Control mit ATmega32 hab.

Code:
// Motorsteuerung für RN-Control mit ATmega32

#include <avr/io.h>

#define SETBIT(ADDRESS,BIT) (ADDRESS |= (1<<BIT))
#define CLEARBIT(ADDRESS,BIT) (ADDRESS &= ~(1<<BIT))
#define CHECKBIT(ADDRESS,BIT) (ADDRESS & (1<<BIT))

// Nur die Funkionen move() und stopmotor() sind für die benutzung gedacht

float abs(float arg)
{
   if(arg<0.0)
      return (-arg);
   else
      return arg;
}

int get_sign(float val)
{
   if(val>0.0)
      return 1;
   else
      return -1;
}



float limit_range(float val,float low,float high)
{
   if(val<low) return low;
   else if(val>high) return high;
   else return val;
}

void motorinit(void)
{
   DDRD= (1<<PD4) | (1<<PD5);   // PWM Pins als ausgang
   DDRC= (1<<PC6) | (1<<PC7);   // 6=Motor 1 Kanal 1    7= Motor 1 Kanal 2
   DDRB= (1<<PB0) | (1<<PB1);   // 0=Motor 2 Kanal 1    1= Motor 2 Kanal 2
   TCCR1A = (1<<COM1A1) | (1<<COM1B1) | (1<<COM1A0) | (1<<COM1B0) | (1<<WGM11) | (1<<WGM10); // 10 Bit Pwm, invertierend
   TCCR1B = (1<<CS11) | (1<<CS10);      // Prescaler 64
   OCR1A=1;         // Mindestzeit für PWM1
   OCR1B=1;         // Mindestzeit für PWM2
}

void pwm_motor(float vel,char motor_index)       // motor_index 0 für Motor 1, 1 für Motor 2
{
   vel = limit_range(vel,0.0,100.0);
   if(motor_index==0)
      OCR1A= (int) (10.23*vel);
   if(motor_index==1)
      OCR1B= (int) (10.23*vel);
}
// Geschwindigkeitsbereich für beide -100 - 100, wobei das Minus nur die Laufrichtung ändert 
void move(float l_vel, float r_vel)       
{
   if(get_sign(l_vel)==1)       // Motor 1 Laufrichtung 1
   {
      SETBIT(PORTC,PC6);
      CLEARBIT(PORTC,PC7);      
   } 
   else                        // Motor 1 Laufrichtung 2
   {
      SETBIT(PORTC,PC7);
	  CLEARBIT(PORTC,PC6);
   }
   if(get_sign(r_vel)==1)    // Motor 2 Laufrichutng 1
   {
      SETBIT(PORTB,PB0);
	  CLEARBIT(PORTB,PB1);
   }
   else                       // Motor 2 Laufrichtung 2
   {
      SETBIT(PORTB,PB1);
	  CLEARBIT(PORTB,PB0);
   }
   pwm_motor(abs(l_vel),0);
   pwm_motor(abs(r_vel),1);
}
void stopmotor(void)
{
   CLEARBIT(PORTB,PB1);
   CLEARBIT(PORTB,PB0);
   CLEARBIT(PORTC,PC7);
   CLEARBIT(PORTC,PC6);
}

void main(void)
{
   for(;;)
   {
      unsigned int x,y;
      move(50,50);       // Beide Motoren gleiche Richtung
      for(x=0;x<=40000;x++) asm volatile ("nop");       // Pause
      stopmotor();
      move(-50,100);    // Motoren verschiedene Richtungen und Geschwindigkeiten
      for(x=0;x<=40000;x++) asm volatile ("nop");       // Pause
      move(100,100);       // Beide Motoren volle Geschwindigkeit
      for(x=0;x<=60000;x++)        // Längere Pause
      {
         for(y=0;y<=60000;y++) asm volatile ("nop");
      }
      stopmotor();
      for(x=0;x<=40000;x++) asm volatile ("nop");       // Pause
   }
}
Ich hab mit den Funktionen gleich ne kleine Beispielanwendung gemacht.
Viel Spaß.
Gruß Muraad