Das Arduino Due Board ist mit einem anderen Mikrocontroller, nämlich dem AT91SAM3X8E bestückt.

> Was sind die Vorteile des STM32 gegenüber dem Due?
Das kommt ganz drauf an, mit welchem konkreten STM32 Modell und Board du vergleichen möchtest.

Bei meinem aktuellen Kandidaten (dem Bluepill Board) mag ich, daß es auf ein Breadboard passt und problemlos auf Lochrasterplatinen gelötet werden kann.
Die große Menge I/O Funktionen, die du gerade genannt hast, braucht eich so noch nie. Aber das kann sich ändern.

Jedenfalls enthalten beide Serien einen ARM Kern.