Das ist mir erst aufgefallen, nachdem ich das Foto hochgeladen hatte (Mein Oszi hat so nen bequemen Automatik-Knopf...der das Signal dann einfängt). Ich habs dann nochmal auf DC gestellt aber der Graf hat sich nicht verändert (außer dass er n bisschen nach oben in den positiven Bereich gewandert ist).

Das ist an den AtMega2560 TWI-Pins abgegriffen. Ich bin mir nicht sicher, ob der Arduino-Bootloader auf Hardware- oder Software-TWI zugreift.
Aber wie kommst du auf überfordert?