Hallo Don,

Die Frage ist nicht einfach zu beantworten!

Grundsätzlich schaltet die CPU nach einem Reset alle GPIOs auf Eingang. Dies damit keine Kurzschlüsse mit externen Ausgängen entstehen können, die CPU hat ja keine Ahnung was an Peripherie angeschlossen ist.
Im Allgemeinen sind dabei die eingebauten Pull-Ups aktiv, sodass ein definierter Pegel an einem unbeschalteten Pin ansteht.

So, du hast nun aber einen Arduino.
Dieser hat ein Betriebssystem und dieses kann dann mit den Pins anstellen, was es will!
Da musst du in der Dokumentation nachschlagen, welcher Pin wie eingestellt wird, bevor dein Programm läuft. Das Problem beim Arduino ist, dass nicht alle Pins frei verfügbar sind, sondern auf dem Board verwendet werden.

Grundsätzlich ist es immer eine gute Idee Serien-Widerstände zu verwenden um den maximalen Strom zu begrenzen.
besonders wenn du einen Pi mit einem Arduino koppelst, kannst du nicht immer garantieren, dass beide gleichzeitig stromlos sind. Ist nur einer eingeschaltet kann ein Ausgang über die Eingangsschutzschaltung des anderen die "Stromversorgung zu übernehmen". Das mag aber die Schutzschaltung nicht wirklich, wenn der Strom so über 10-20mA (genauer Werte stehen im Datenblatt) steigt.

Ein anderes Problem ist dann die Möglichkeit, dass ein Latch-Up ausgelöst wird, wenn der Eingangspegel höher als die Versorgungsspannung ist. Den fall hat man, wenn man 3.3V Logik mit 5V-pegeln ansteuert.

Die Eingangsschaltung erzeugt einen parasitären Thyristor, welcher dann die Versorgungs-Spannung kurz schliesst. Da kommen die 6A schon hin!
https://de.wikipedia.org/wiki/Latch-Up-Effekt

MfG Peter(TOO)