Wie hast Du denn das Timing der beiden sendenden Applikationen verglichen, damit Du Dir sicher bist, das sich das Verhalten des Empfängers ändert?
Das ist visuell am SM ganz deutlich zu erkennen.

Wie sieht es denn aus wenn die App aus dem Playstore ein compiliertes Programm ist und der AppInventor z.B. selbst in Java geschieben ist und die Befehlsblöcke als YAIL Code von einem Interpreter verarbeitet werden?
Zu diesen Details kann ich nichts sagen.

Das unterschiedliche Timingverhalten durch die Apps könnte ich ja verstehen, aber der Arduino hat einen Empfangspuffer der seriellen Schnittstelle, da steht 2 x das gleiche drin und trotzdem ist das Verhalten des Programms deutlich unterschiedlich. Das leuchtet mir eben nicht ein.

vG
Fredyxx