Die häufigsten Fehler sind:
auf den Programmierpins zu niedrige Lasten zu haben ( bei mir genügte das Gate eines FET über 1kOhm, das es nicht mehr ging ).
Oder die falschen Pins verwendet - Beim 2560 sind das die Pins PDI, PDO, und SCK nicht wie sonst üblich MISO, MOSI und SCK ( siehe Datenblatt Seite 339 ) .

Der Reset Beschaltung muß auch Aufmerksamkeit geschenkt werden und die AVCC und AGND Pins sollten auch mit entsprechenden Spannungen versorgt werden.
Dann sollte eigentlich alles klappen.