Das einfachste wäre ein RaspberryPi.
Ist zwar etwa "übermotorisiert" für die Aufgabe, läuft aber mit Linux. Somit werden
alle USB-Geräte, zu welchen es einen Linuxtreiber gibt, auch unterstützt.

Etwas Software musst du dann noch für das Interface zu deinem FPGA schreiben.

MfG Peter(TOO)