Die Schnittstellen sind wohl seriell.
Allgemein wird aber mit SPI eine Schnittstelle bezeichnet die seriell Peripherie ansteuert.
Dabei steuert ein Master einen bzw. mehrere Slaves an.
Üblicherweise werden dafür die Ports MISO, MOSI, SCK und pro Slave Chip eine eigene ENABLE Leitung benutzt.
Bei vielen ATMEL Controllern werden dann diese Pins + Reset auch für die ISP Programmierung benutzt - Aber nicht bei allen.
JTAG ist im Prinzip auch ISP, spricht man allerdings in der ATMEL Welt von ISP ist meistens die 6 oder 10 Polige ISP Programmier- Schnittstelle gemeint.

Jedes Programmiergerät kann eine, zwei, oder sogar 3 Schnittstellen bedienen.
Also richtet man sich als Hobbyist danach, welchen Programmer man hat, oder wie viel Geld man für ein Programmiergerät ausgeben mag.

Vorschlag:
Schnapp Dir mal ein Datenblatt von nem ATMEGA 16 und guck in der entsprechenden Rubrik, wie die Schnittstellen funktionieren.
Ist zwar viel Text, aber sehr lehrreich.