Deine Frage ist letztendlich: Wie viel Strom fließt in den Kondensator und wie groß muss meine Sicherung dimensioniert werden.
Die Größe des Einschaltstroms hängt maßgeblich von dem Innenwiderstand des Kondensators ab (Auch Kondensatoren haben einen) und dem Innenwiderstand deines Bleiakkus. Wenn du beide Werte weißt kannst du deine Sicherung auslegen. Der Wert für die Sicherung wird trotzdem sehr groß sein Deswegen gibt es Schaltungen um den Ladestrom eines Kondensators zu begrenzen aber den Entladestrom unbegrenzt zu lassen. Da wirst du bestimmt im Internet dazu fündig.

Die nächste Frage ist: Brauchst du überhaupt so einen großen Kondensator. Je nach Spannungsregler (Linearregler sind an der Stelle schneller) sollte der Regler den Unterschied schnell genug ausgleichen können. Ansonsten würde ich einen kleinen Kondensator direkt am uC vorschlagen. Stichwort Leitungsinduktivität.