Ich möchte hier nichts aufquatschen, aber nur eine weitere Möglichkeit eröffnen.

Wenn der Rechner an seine Grenzen kommt wird das Taktsignal unsauberer. GGf. kann auch hier das Problem liegen.
Ich habe aus diesen Grund, und um höhere Geschwindigkeiten bei hohem Mikroschritt zu erreichen auf eine externe CNC-Steuerung umgerüstet.
Diese erzeugt die Taktsignale selber in der Hardware.
Damit bin ich sehr zufrieden - allerdings kostet sowas auch. In meinem Fall die CSMIO-M von CS-Lab für ca. 280 €.

MfG Erik