Nach längerem Suchen und einen ausführlichen Debugen bin ich dem Fehler auf die Schliche gekommen.

Ich verwende die StdPeriph-Driver Bibleothek. Zum Ende der Timer-Initialisierung wird im EGR-Register das Bit0 gesetzt und sollte laut Beschreibung ein Update-Event generieren, welches durch die Hardware automatisch gelöscht werden sollte.
Das erfolgt jedoch nicht, und sobald ich danach das Interupt aktiviere springt das Programm auf Grund des bestehenden ISR-Flags ins Interupt.

Abhilfe:

TIM_TimeBaseInit( TIM4, &TIM_TimeBaseStructure );
...
TIM_ClearITPendingBit( TIM4, TIM_IT_Update);
TIM_ITConfig( TIM4, TIM_IT_Update, ENABLE );


Den Fehler will ich den anderen Nutzern nicht vorenthalten. Die Verkettung der Timer, bzw. Zähler funktioniert jetzt so.