okay vestehe, es kann also nicht unterschieden werden. Habe jetzt den serial.print(":") eingefügt. Hat soweit erstmal leider auch nichts geholfen.
Ich habe jetzt mal debugged. Die Variable a (siehe code) kann er noch einlesen. Das wirklich komische ist aber, dass im workspace für a ein leerer Array steht also []. Dann ist auch versändlich, dass
Matlab in der nächste Zeile streikt bei voltage1(i)=a; da er ja an die Stelle i keinen Array schreiben kann. Daher kommt der 'dimension mismatch'.

Code:
while i<=Zeit
    a=fscanf(serialport,'%f:');
    voltage1(i)= a;
    time(i)=i;
    i=i+1;
end
Die Ausgabe in der Arduino Konsole schaut nun so aus:
Code:
         0.00:0.00:0.00:0.00:...
Also wieder Leerzeichen die am Anfang stehen. Da stellt sich mir jetzt die Frage, ob das Board die Leerzeichen am Anfang an Matlab sendet und daher als Wert von a ein leeres array schreibt?