Die USB-Buchse unterscheidet sich nur vom 5V GPIO Pin dadurch, dass eine Sicherung zwischen USB und 5V GPIO Pin ist.

Aber auch wenn man ganz normal über USB die 5V samt Sicherung einspeist:
auch da wird der Pi gegrillt, wenn man Kurzschlüsse auf den GPIOs produziert, da schützt auch die eingebaute Sicherung am USB-Stecker nicht davor!

Wie groß die aufgelötete Sicherung ist, weiß ich nicht, frag im Raspi.org Forum nach oder guck im Schaltplan nach.

Die 5V gehen dann nach der Sicherung direkt an die GPIO sind dann wie sonst auch mit allen anderen 5V Verbrauchern verbunden, da macht es keinen Unterschied, wo die 5 V herkommen.

Wenn du deine Einzelverbraucher dann über die Masseleitung absicherst, ist es der gleiche Effekt, und du kannst sie manuell sogar sowohl gesamt als auch individuell absichern.