Hm- möglich wärs.
Du hantierst auch recht -ich nenns mal offenherzig- mit diversen Timern da herum.
Denn _irgendwas_ timerähnliches brauchen die Stepper ganz sicher auch....
Da hilft nur, die eine oder andere Funktion mal deaktivieren, und schauen, was passiert.

Eventuell würde ich mal, bei so einem Vorhaben, über eine vernünftige Zeitscheiben-Steuerung nachdenken, das riecht mir stark nach der Notwendigkeit für echtes Multitasking.
Aber dann nimm bitte nen echten Timer-Interrupt für, die funktionieren auch zuverlässig (zeitkritisches kann man da immer noch abfangen).