So ein 9V-Block hat grundsätzlich schon einen relativ hohen Innenwiderstand, welcher mit der Entladung zunimmt.
ist kein 9V Block, sondern 8x 1.2V NiMH, 2600mAh.

So ein µC erzeugt einen recht wechselhaften Stromverbrauch, was zu kurzfristigen Spannungseinbrüchen führen kann (ns- bis µs-Bereich) was digitale Schaltungen durcheinander bringen kann.
Dagegen sollte eigentlich die Resetschaltung (Brownout) wirken.
Wie ist die Geschichte bei dir da eingestellt?
Ein grösserer Elko an der Spannungsversorgung sollte auch einen Einfluss haben.
BTW: Was für ein Board ist das und wie wird die Spannung stabilisiert? Wenn man beim 78xx die kleinen Kondensatoren (100-200nF) direkt an Ein- und Ausgang weglässt, werden sie instabil und machen viel ärger bei Impulslasten.
da verstehe ich nicht, wovon du redest, es ist halt ein ganz normaler Due, da wird nichts weiter eingestellt.
Aber das Problem ist doch auch schon gelöst, ich messe jetzt einfach die Versorgungsspannung, bis 7V min. ist alles gut.