Hallo,
man kann die serielle Schnittstelle durchaus zum flashen verwenden. Das sieht dann so aus: https://www.roboternetz.de/community...tem-ISP-SIProg
Der Atmega muss aber extern mit 5V versorgt werden.
Allerdings bin ich mir nicht sicher, ob dein USB-seriell Adapter auch die Handshakeleitungen steuern kann. Ich würde also keine Erfolgsgarantie geben.
Warum nutzt du eigentlich nicht die USB-Verbindung, die beim Arduino sowieso schon drauf ist?
Grüße, Bernhard