Der Due hat einen Prozessor mit einer ganz anderen Architektur. Alles was direkt auf Prozessorregister zugreift muss angepasst werden. Falls das jemand für die entsprechene Library gemacht hat, dann läuft sie. Sonst nicht.
genau das macht doch die Arduino-IDE, unter Verwendung von gpp, den AVR und arm libs, board specs und der Java-Shell, die all das verwaltet. Alle libs, die auf ANSI C bzw. C++ benutzen, werden von gpp auf die entsprechende Zielplattform kompiliert: das ist ja gerade der Vorteil von C/C++ code mit den dazu passenden Compilern, die ja vorhanden (installiert) sind.

In den meisten Fällen, die ich kenne, sind die gpp libs für avrs beschnitten (z.B. stdio.h), um Speicher zu sparen (z.B. sprintf() für floats, oder auch generell vsscanf(), das für AVR überhaupt nicht zur Verfügung steht), für den Due sind diese Beschränkungen aufgehoben.
Das gleiche gilt für Variablentypen: bei AVR sind max. 32 bit Variablen möglich (auch double wird auf 32-bit float herunterskaliert), der Due hat 64 bit double und 64 bit long long (int64_t).

Ich kenne keine einzige Einschränkung, die für den Due gülte, aber nicht für avrs. Ausgenommen sind ntl Hardware-Register-Zugriffe, aber ich kenne auch hier keinen Fall, in dem dann nicht entsprechende Alternativen für den arm gäbe.
Selbstverständlich kenne ich nicht alle libs, die es geben mag.
Halt, gerade im Moment fällt mir 1 ein:
tone() funktioniert noch nicht beim Due. Allerdings hat er 2 DAC on-board, um wav von SD wiederzugeben, habe aber beides noch nicht wirklich gebraucht.
In der Liste des TOs lese ich aber nichts, was solche Einschränkungen erwarten ließe (CMIIW).


als Ersatz für einen richtigen Debugger muss man bei Arduinos die serielle Konsole am PC verwenden. Hier kann man immerhin während der Laufzeit Variablen mit ihren Werten tabellarisch ausgeben, und man kann manuelle Brakepoints setzen, wo man auf einen Btn-press wartet.
Etwas hölzern und steinzeitlich, ok, aber man kann sich damit behelfen.
Allerdings mache ich das lieber als gdb auf anderen Plattformen zu benutzen - dieser Debugger ist für mich WIRKLICH die Hölle...!