es gibt kleine analoge Widerstands-Joysticks.
Ansonsten können externe Joysticks über die entspr. Schnittstelle abgefragt werden (UART, i2c...), aber das hängt von der speziellen Art ab - eine universelle Lösung gibts da nicht.
USB als Input ist eher schwierig beim Due.

http://www.ebay.de/sch/i.html?_from=...stick&_sacat=0