die Frage ist lediglich, wo "kritisch" anfängt. Vieles kann man outsourcen auf Shields, die komplexe Arbeiten (den "Dreck" halt ) autonom erledigen, die nächste Frage ist aber dann, wie schnell die (Zwischen-) Ergebnisse wieder auf dem Raspi sein müssen. Wenn also "sehr" zeitkritisch, dann geht es zumindest mit Linux im Userspace nicht mehr absolut sicher. Ein Kenner der Materie sagte mal sinngemäß im englischen Raspi-Forum:
wenn man was im 200µs-Takt braucht, kann das klappen, vielleicht auch schneller, vielleicht aber auch erst nach 400µs.
Auch ist es mit dem Auslesen der Pins ja vllt noch nicht getan (das geht per pigpio angeblich im 5µs-Takt) - wenn sie dann auch noch im 100µs-Takt weiterverarbeitet werden müssen (wie Quadratur-Encoder), dann geht das eben NICHT mehr in "Echtzeit". Linux hat viel zu viele Parallel-Tasks und Demons und Event-Watcher laufen, auf die du keinen Einfluss hast.

Das Propeller-HAT z.B. ist schon ne gute und schnelle Sache, hat Treiber für Python, aber nicht für C - und Python ist auch nicht gerade für Schnelligkeit und Echtzeitfähigkeit bekannt.
Echtzeitfähigkeit erfordert entweder ein RTOS (wie OSEK) oder ARM-bare-metal-Programmierung: beides geht auf Raspi (oder Arduino), aber eben nicht mit Linux.
(nach meinigem jetzigen Kenntnisstand, aber ohne Gewehr^^)


ps,
ich habe 4 Encoder auf einem B+ getestet, da ging es nicht.
Die Tests auf meinem neuen 2B stehen noch kurz bevor.