Mit den SD Karten hab ich auch schon meine Probleme gehabt.
Letztlich war bei mir der Puffer für die Blöcke zu klein.
Ich hatte ständig daten von der seriellen Schnittstelle empfangen und die dann auf die SD Karte geschrieben.
Allerdings braucht der Schreibvorgang in die SD Karte so lang, das einige Date der seriellen Schnittstelle nicht mehr gepuffert wurden und somit weg waren.

Ich hab dann auf nen ATMEGA 644 hochgerüstet, weil der mehr RAM hatte.
Seit dem läuft es Einwandfrei.