Mhh ohne jetzt ins Datenblatt geschaut zu haben. Es gibt einige Atmel Controller die nicht über ISP sondern über PDI (oder ein komische Mischung) programmiert werden.
Ansonsten wäre mein Vorschlag (ich glaube der Atmega1284 ist ein ziemlich neuer Chip) schau doch mal ob du für deinen Programmer und deine PC Software ein Update findest.
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