Hallo,

mittlerweile konnte ich das Problem beheben. Ich habe vergessen, die FAT-Sektoren aufzusetzen. Da ich immer wieder formatiert habe und Dateien auf dem PC erstellt habe passte die FAT gelegentlich zu den Verzeichnissen die ich mit dem Microcontroller angelegt habe. Für andere die auf dieses Problem stoßen kann ich die folgende Seite empfehlen:

AVR FAT32

Ich kann nur dazu raten alles gründlich zu lesen, dann ist das ganze kein Hexenwerk mehr.