Vom Uno gibt es Nachbauten, die das 3.3V-Problem ganz elegant umschiffen: die haben nen Umschalter für drauf. Laufen dann wahlweise mit 3.3V oder mit 5V. Das betrifft auch die Pins!
Oder man nimmt einfach nen Pro Mini, der die gleiche Anzahl Pins hat, aber direkt in 3.3V-Ausführung zu bekommen ist.

Der Due ist gegen diese Lösung entschieden zickiger und vor allem absolut nicht Einsteigertauglich. Wer nämlich so viele Pins wirklich braucht, wird früher oder später das Spannungsproblem eh haben und das lässt sich nur mit Pegelwandlern aus der Welt schaffen.
Aber es wird vermutlich oft auch ohne zusätzliche Rechner gehen: meist genügen simple Portexpander.