das sage ich ja -
der Raspi an sich ist dafür (mit Bordmitteln) absolut ungeeignet.
Expansionboards dafür sind wieder nicht a-priori anfängertauglich.
Außerdem schaufeln sie die Encoderwerte auch nicht in Echtzeit zum Raspi in sein RAM rüber.

Der DUE schafft das mit Bordmitteln locker selber für 6 Encodermotoren
(und wenn es denn unbedingt ein 5V AVR sein muss: der Mega kann es wegen seiner 8 pwm Pins sogar mit 8 Encodermotoren on-board).