Ich habe zwischenzeitlich mit Atmel Kontakt aufgenommen und denen ist das Problem bekannt.
Mir wurde geraten, per Zadig den Treiber zu tauschen, was auch problemlos funktioniert hat.
Meine genaue Lösung findest du hier:
https://www.roboternetz.de/community/threads/68179-AtMega-2560-mit-Arduino-Bootloader-nutzen-ohne-Arduino-Mega2560-Platine/page2?p=620516&viewfull=1#post620516


@Admins/Mods: Könntet ihr dem Thema im Titel bitte noch ein "Windows 10" anhängen? Danke!