@oberallgeier:
Clear/Set-Bit?
Meinst du COM1A1/COM1A0? Die habe ich auf nicht-invertierende PWM (1:0) eingestellt.

@searcher:
Die OCR Register der beiden Timer werden aber zu unterschiedlichen Zeiten aktualisiert. Timer0 im Mode 3 update OCRn at TOP, Timer1 im Mode 14 update OCRx at BOTTOM.
Das muss ich mir ansehen. Vielleicht mit Mode 1 (8-Bit Fast PWM)? Aber: Kann dadurch die PWM Frequenz anders sein als in der Berechnung, die ja für alle Fast-PWM Modi gelten müßte?
Problem könnte deshalb vielleicht im übrigen Programm liegen?
Das besteht zum Test nur aus einer Schleife, in der der PWM-Wert rauf und runter gezählt wird. Die PWM funktioniert auch bei beiden Timern gut, d.h. die angeschlossenen Motoren werden normal angesteuert.