Ich habe gerade eben einen 16Mhz Quarz mit entsprechend zwei 22pF Kondensatoren an den Atmega gelötet und es hat direkt funktioniert. Es scheint so als hätte der Atmega tatsächlich den Quarz des Programmes verwenden.

@HaWe
Danke für die Antwort, auch wenn sich das Problem gerade gelöst hat .