Bei CONFIG ADC ist keine REFERENCE angegeben. Bedeutet beim ATMega2560, daß die Spannung am AREF Pin die Referenzspannung ist. Was ist da für eine Spannung angelegt?

Kommentar zum "Portf.3 = 0" ist falsch. Dort wird der Pullup ausgeschaltet. (Spielt hier im Augenblick aber keine Rolle)

...aber ich bekomme immer nur "1023" angezeigt.
Was erwartest du denn, bzw was ist an Portpin PF3 angeschlossen und zu messen?