Ergänzend zum Verfahren, das Geistesblitz schon geschildert hat, kann man sich als Schalter noch einen induktiven Näherungsschalter vorstellen. Die sind schmutzresistenter als die meisten mechanischen Schalter und bergen nicht die Gefahr der mechanischen Abnutzung von Nocke und Stössel weil sie berührungslos arbeiten. Allerdings sind sie auch ein wenig teurer.
Zusatzfrage: Die scheinbare Encoderdrehrichtung bei einem Quadratursignal (vermutlich ist es eines) kann man z.B. durch invertieren eines Kanals ändern. Das kann in der Auswertung hard- oder softwaremäßig gemacht werden und stellt kein prinzipielles Problem dar.