Kommt ein wenig auf Art des Encoders und die verwendete Steuerung an, sollte aber an sich kein großes Problem sein.

Soll sich die Drehachse um mehr als 360° drehen können? Dann wäre es sinnvoll, bei einem mechanischen Schalter zum Beispiel den Knopf in Richtung Achse zu montieren und den Zapfen trapezfürmig zu machen, sodass der Schalter "im Vorbeifahren" betätigt wird. An sich sind kontaktlose Verfahren aber wirklich besser, induktiver Näherungsschalter wäre das Optimum, da wirklich Schmutzresistent und keine Abnutzung. Du könntest das auch auf die Oberseite montieren, da ist das vielleicht ein bisschen besser geschützt.