Ich bin im Embedded Bereich (vor allem bei so kleinen Controllern) im allgemeinen gegen Malloc und Co und nutze sie nur im Notfall. Nur wenn aller genutzter Speicher statisch allokiert wird, kannst du dir sicher sein, dass dir der RAM nicht ausgeht. Am PC ist das nicht so wild, weil a) viel viel mehr RAM da ist und b) RAM auf die Festplatte ausgelagert werden kann, wenn der Platz knapp wird.

Wenn überhaupt würde ich für deinen CanOpen Stack einen festen Bereich reservieren und den je nach Bedarf neu zu teilen. Allerdings musst du dir auch hier sicher sein, dass 2 Komponenten nicht gleichzeitig den selben Speicher brauchen.