Hast Du noch andere Chips auf den Programmierpins MISO MOSI SCK angeschlossen?
Ich hatte das Problem auch schon mal.
Die Fusebits verstellten sich während des Programmiervorganges, weil der angeschlossene Chip Bits auf die Leitungen gegeben hat.
Das hatte dann zur Folge, das sich immer wieder mal die Takteinstellungen geändert haben und der Controller somit keinen gültigen Takt mehr hatte.
Dadurch war dann auch kein ISP mehr möglich.
Mit externem Takt konnte ich die Fuses dann wieder umstellen.
Nachdem der Reset Pin des angeschlossenen Chips per Pulldown Widerstand aktiviert wurde ( der externe Chip also abgeschaltet war), trat das Problem nie mehr auf.
Absteckbare Jumper könnten auch ne Lösung sein.
Poste doch bitte mal den Schaltplan deiner Entwicklung.