Vielleicht sollte man doch einmal das Ersatzschaltbild des Peltierelementes bemühen.
Das enthält einen elektrischen Widerstand der den Effektivwert des Stroms in Wärme unsetzt und eine Wärmestromquelle die den Mittelwert des Stoms in einen Wärmestrom zwischen kalter und warmer Seite umsetzt.
Der Wirkungsgrad des Elementes ist damit abhängig vom Verhältnis von Mittelwert zu Effektivwert des Stroms. Ausgehend von einem Stromwert, (z.B. dem Nennstrom) führt eine Verdopplung des Stroms zu einer Verddopplung der Kühlleistung und zu einer Vervierfachung der Verlustleistung.
Da bleibt eigentlich nichts anderes als den Strom zu glätten. Bei einem hohen Strom und einer ausreichend hohen Frequenz geht das sicher am besten mit einer Induktivität die pro PWM- Periode keine zu große Stromänderung zuläßt.
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