Bei dem von dir vorgeschlagenen Verfahren, das sicher funktionieren würde, gibt es einen Haken.
Pollst (dauerhaftes immer sich wiederholende Abfrage) auf den Pegel des Pins, hast du keine Prozessortakte mehr frei, um noch das CAN unterzubringen oder andere Aufgaben zu erledigen. Jetzt könnte man die Abfrage natürlich auch in eine große Schleife mit rein tun, die dann die anderen Aufgaben mit abarbeitet, dann ist aber der Zeitpunkt, wann der Pin überprüft wird, nicht mehr eindeutig.

----> in dieser Anwendung taugt das Konzept nicht.
Anhaltspunkte, was dein Konzept können sollte:
-Timerfunktion kommt drin vor
-Der Überlaufinterrupt kommt drin vor
-Die ISR(Interrupt Service Routine) enthält kein Polling

Gruß Jannis