... Der L293D und ... Motoren werden standartmäßig mit der Hauptspannungsquelle des RN-Controls versorgt ... Jumper bei UMOT ...
Jein.

Die Dokumentation zur RNC ontrol empfiehlt Betriebsspannung wahlweise zwischen 7 und 18V (empfohlen 7 bis 14 V). Wenn Du mit Deinem 4xAA-Pack mit 6V drangehst, wird Dir der Spannungswandler runde 2V fressen - mit entsprechenden Folgen. Ein 9V-Block für RNC ontrol inklusive Motorbetrieb ist dann spannungsmässig korrekt aber dessen Belastbarkeit reicht ziemlich sicher für Dein Projekt nicht aus.

In der 33seitigen Dokumentation zur RNC ontrol zeigt der Schaltplan auf Seite 33, dass der L293D über seinen Pin 16 mit "5V" versorgt wird; sprich : damit wird die interne Steuerelektronik des ICs versorgt. An seinem Pin 16 steht - bei gesetztem Jumper UMOT - die Batteriespannung an, die je nach Softwareablauf den Motor treibt. Hier 9V dran und UMOT gesteckt ist - wenn die Spannungsquelle genug Dampf hat - für den Motor sicher nicht soooo gut, sprich: der wird früher oder später durchschmoren.

Näheres dazu kannst Du im Datenblatt des Motortreibers durchlesen (wers nicht tut . . . siehe oben). Daraus zum "Jein" von oben: der L293D hat zwei Spannungseingänge - für getrennte Zwecke!

... Womit muss ich GND verbinden? Meinst du damit eine Verbindung zwischen dem Minuspol der neuen Spannungsquelle mit GND? ...
Richtig. Verschiedene Spannungsquellen an einem System sollten immer mit GND (sternförmig!!) verbunden werden.