Hi,
warum nimmst Du zur Kommunikation nicht einfach die UARTs (IR-LED an TXD, IR-Transistor an RXD), dann brauchst Du kein
neues Protokoll "erfinden".
Ansonsten wirst Du wohl um den Timer nicht herumkommen, also HL Timer Start, LH Timer Stopp, Timer auslesen ...
mfg
Achim