Das kann viele Ursachen haben, wie zB.
-Gewindesteigung ist nicht richtig eingetragen worden (sowas führt aber meist zu noch größeren Abweichungen)
-deine Gewindespindeln haben Spiel (was für Spindeln und was für Muttern sind wie verbaut? Hast mal Bilder parat?)
-die Mechanik ist zu nachgiebig, sodass sich der Fräser immer ein wenig wegdrückt, je nach Belastung
-der Fräser dreht sich nicht um die eigene Achse, sondern ein wenig exzentrisch -> Fräsbahn verbreitert sich (hast du mal eine einzelne Fräsbahnbreite gemessen?)

L297/L298 sind übrigens ganz schön alte Treiber, hatte vorrübergehend auch eine Steuerung mit solchen Treibern in meiner CNC, da die vorherige Steuerung kaputt gegangen ist. Mittlerweile habe ich auf kleine Boards mit A4988-Treibern gewechselt und bin damit bisher eigentlich ganz zufrieden. Mittlerweile gibt es solche Treiber auch zum Spottpreis aus China zu kaufen. Wenn du sagst L298 werden es wohl nicht über 2A Phasenstrom sein, dann würden die A4988 auch passen. Die sind nicht nur kompakter, sondern können auch bis zu 16tel-Schrittauflösung, dadurch verfahren die Achsen sehr viel ruhiger.