Meines Wissens / bzw. meiner Erinnerung nach (ist schon etwas her dass ich etwas mit den Atmegas gemacht habe), sollte das entsprechende Bit in PINC dann High sein. Allerdings bin ich mir nicht mehr sicher wie das Zusammenspiel aus Pull Up und Eingang wirkt. Zudem ist der Simulator alles andere als..Fehlerfrei.
Eventuell hilft dir dazu das Datenblatt bzw. das Erratasheet vom Simulator weiter.