Würd auch sagen, nimmst nen kleinen Controller (Attiny würd bestimmt schon reichen) und übernimmst mit dem die Auswertung des Inkrementalgebers. Dann als I2C-Slave konfigurieren, damit der dann dem Hauptcontroller die Messwerte mitteilen kann. Ist sowieso häufiger nützlich, einzelne Funktionen auf weitere Controller auszulagern, zB. Motorregler oder Displaysteuerungen oder sowas.