Ich habe noch einmal lange herumprobiert und dabei festgestellt, dass es meistens geht, wenn nur der AT90S2313 angeschlossen ist. Schließt man den ATmega wieder dazu, so geht es wieder meistens nicht.

Schliesst du die beiden Controller einfach parallel an den seriellen Anscchluss an oder wie meinst du das mit "schliesst man den anderen wieder dazu"?