Hallo Martin,
du hast nicht angegeben welchen AVR du meinst.
Aber beim Mega32 z.B ist es so,
das du die Bits COM1A0 und COM1A1 im Register TCCR1A auf 00 setzen musst,
damit der Pin als normales Port zu nutzen sind.
Das kannst du ja in Bascom auch nach Konfiguration des Timers noch machen.
Oder verstehe ich dein Problem falsch ?

Gruß Jan