Als nächste Tests, könnte man mal aus RN-Wissen das Testprogramm für die serielle Ausgabe per ISP laden und dann testen ob über USB (und virtuellen COM Port) in diese Richtung Daten am PC ankommen.
Dabei kann man dann die COM Ports sowie die Baudrate mal durchprobieren bei der Daten kommen.
Eventuell ist da eine Abweichung zur im Beispiel genannten Einstellung vorhanden. das müsste man dann in der conf Datei anpassen.

Da ich mit Arduino noch nicht gearbeitet habe, kann ich leider nicht sagen ob die Einstellung das nach einem STK500 board gesucht wird so richtig ist.
Beim STK500 handelt es sich ja um ein AVR-Starterkit von Atmel.

Aber prinzipiell ist der Versuch erst mal eine Ausgabe vom Controller zum PC hin zu bekommen ganz gut, da man damit erst mal die grundlegende Kommunikation testet. Wenn das dann geht, kann man einen ganzen Block an potentiellen Fehlerquellen ausschließen.